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→ BioInfo Bank
BioInfo Bank は、バイオ関連の専門情報サイトです。 |
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BioInfo Bank とは？ |
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| 九州工業大学情報工学部教授 皿井明倫博士らと数年以上に渡って共同開発した、我が国独自の蛋白質・核酸に関するバイオ情報データベース群。国際的な利用に答えるように全文英文で開発されています。 |
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| ＢｉｏＩｎｆｏ Ｂａｎｋは次のようなデータベース群から成っています： |
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生体分子統合ＤＢ（３DinSight ） [PDF:228MB] |
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−生体分子の構造、機能と物性に関するデータを関係データベース上に統合したバックボーンデータベース。構造、機能、物性を組み合わせたさなざまな検索を行い、これらの間の関係についての洞察を得ることができる。機能情報として、モチーフ、リガンド結合情報、病気と関連するアミノ酸変異などを蛋白質３次元構造上にマップしている。SNPなどの情報も同様に統合してゆく予定。物性情報は、蛋白質の安定性、蛋白質と核酸やリガンドとの相互作用に関する熱力学データを文献から収集している。 |
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蛋白質熱力学ＤＢ（ProTherm ） [PDF:84KB] |
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−蛋白質や変異体の安定性に関する種々の熱力学量（変性温度、変性自由エネルギー、実験条件、実験方法、文献情報など）を文献から集めたデータベースで、蛋白質の構造形成原理の研究や蛋白質工学などの応用にとって有用。すでに、15,000件以上のデータを集録。アミノ酸変異による安定性変化を予測するツールも開発している。 |
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蛋白質・核酸認識ＤＢ（ProNIT ） [PDF:80KB] |
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−蛋白質と核酸の相互作用に関する実験データ（結合定数、実験条件、実験方法、文献情報など）を文献から集めたデータベース。すでに約3,500件の実験データを収集。今後のプロテオーム研究で、蛋白質と核酸の相互作用や遺伝子発現ネットワークの解析などに有用。 |
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生体分子・リガンド相互作用ＤＢ（ProLINT ） [PDF:87KB] |
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−生体分子とリガンドの相互作用に関する実験データ（結合定数、リガンド構造、実験方法、文献情報など）を集めたデータベース。創薬などの研究にとって有用。すでに、kinaseとproteaseについて約24,000件の相互作用データを収集した。 |
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開発経緯 −For the Progress of Biotechnology in 21st Century and Human Life− |
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Due to the extensive development of biotechnology and molecular biology in the last couple of decades, a diversity of several thousands of millions of bases, composed of only four types of them has been discovered in human genome. The next important task for the human molecular biology is to determine the structure and functions of the proteins coded by these bases- only 10% of which has been accomplished so far.
It is amazing that the proteins- the closest thing to the human, in fact a part of him- has been the least known of all the scientific knowledge.
Several databases have been developed by us by scanning through a huge unorganized see of knowledge spread all over the world of journals and other sources. These databases have been developed at the Institute of Physical and Chemical Research of Japan and subsequently at Kyushu Institute of Technology under the leadership of Prof. A. Sarai and Advanced Technology Institute headed by Dr Y. Kubota. These databases are huge and are growing everyday. Advanced Technology Institute is also developing effective and intelligent search and modeling systems to retrieve, organize and understanding these knowledge bases.
Protein world is even more complex than the genome world as this is made of 20 amino acids in comparasion of 4 based in genome. It is impossible to design medically important proteins, or drugs without a thorough knowledge about the structural proterties of proteins, their thermodynamic behaviour and how they respond to the change in environmental conditions. Therefore this project of databases is essential to improve our understanding of biotechnology, develop new medications, and other related applications. |
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